Den jyske Historiker udgiver fire numre om året. Hvert nummer fokuserer på et aktuelt historisk tema, der belyses ud fra forskellige teoretiske, metodiske og tværfaglige vinkler. De seneste 30 år har Den jyske Historiker udgivet mere end 100 temanumre. Gennem alle årene har tidsskriftet været kendetegnet af en bred inter-national orientering, og det placerer sig til stadighed i frontlinien af dansk historieforskning.

De temaer, som Den jyske Historiker tager op, viser tidsskriftets bredde. Videnskabsteoretiske og historio-grafiske problemstillinger sættes løbende til debat. Nye strømninger som mikrohistorie, post-kolonialisme og konstruktivisme har været genstand for temanumre, og andre har rummet aktuelle bud på, hvor historiefaget er på vej hen efter postmodernismen.

Nye teoretiske tilgange anvendes i analyser af køn, krop og seksualitet. Aktuelle historiske emner som globaliseringens udbredelse og virkninger samt den nye syntetiserende globalhistorie er ligeledes blevet behandlet. Den jyske Historiker udgiver også numre af mere politologisk karakter med emner som dansk udenrigspolitik under den kolde krig og om det tvetydige danske forhold til EU og europæisk integration.

Konstruktionen af national identitet og etableringen af nationalstater har været et gennemgående tema i en række nationalstatsnumre, der strækker sig fra nationer som Tyskland og Spanien over Osmannerriget og det moderne Tyrkiet til Indien.

Fælles for temanumrene er den engagerede historie og den tværfaglige tilgang. Historikere, sociologer, etnografer, litterater, idehistorikere og politologer skriver i Den jyske Historiker og er med til at præge debatten. En debat der ikke kun afspejles i temaartikler, men også i aktuelle anmeldelser og kommentarer.